Das in sechs Jahrzehnten entstandene Lebenswerk Heckels umfasst ca. 1100 Gemälde, von denen allerdings der größere Teil vor allem des Frühwerks zerstört oder verschollen ist.

Der Oeuvre-Katalog der Druckgraphik von Dube weist rund 460 Holzschnitte, 400 Lithographien und knapp 200 Radierungen aus.

Für Aquarelle, Zeichnungen oder Skizzen gibt es kein Werkverzeichnis. Da mehrere Tausend Papierarbeiten bekannt sind, wird es auch künftig kein publiziertes Verzeichnis geben können; zudem gilt eine unbekannte Anzahl als zerstört oder verschollen.

Der von der Nachlassverwaltung angelegte interne Werk-Katalog wird laufend ergänzt. – Vor allem aus der Zeit vor 1909 haben sich nur ganz wenige Blätter erhalten.

Atelierfotos, Briefe und Darstellungen in Heckels Bildern bezeugen, dass wesentlich mehr Holzskulpturen entstanden sind als die sieben, die heute noch existieren. Die älteste erhaltene stammt aus dem Jahr 1906 und befindet sich im Hamburger Museum für Kunst und Gewerbe, die späteste aus dem Jahr 1920 (heute Sammlung Gerlinger).

Im Folgenden wurde aus den verschiedenen Gattungen jeweils eine kleine Auswahl aus allen Schaffensphasen, die wichtigsten Motivgruppen berücksichtigend, zusammengestellt.